يتابع فيلم "بيت الظلال" قصة خليفي، عالم آثار في الخمسين من عمره مهووس بالتاريخ الاستعماري لمدينته الأغواط، وهو يستكشف موقعاً أثرياً محيطاً بالمدينة الصحراوية. من خلال عيني خليفي والشخصيات الأخرى المحيطة به، يعرض الفيلم الأراضي الغامضة في الجزائر، المسكونة بأشباح ماضٍ مؤلم وخائف من الانهيار.